Den Kern der Realiensammlung des Jüdischen Museum bilden heute Memorabilia jüdischer Familien und leider nicht die bedeutende Sammlung von Kultgegenständen, über die die Hohenemser Kultusgemeinde bis 1938 verfügte. Im Besitz der Gemeinde befanden sich unter anderem wertvolle Torarollen, Toraschmuck und Textilien. Allein mehr als 400 Torawimpel wurden in der Hohenemser Synagoge aufbewahrt. Seit der Beschlagnahmung des gesamten Gemeindebesitzes in den Tagen nach den Novemberprogromen fehlt von dem gesamten Bestand jede Spur. Die silbernen und anderen Metallobjekte sind vermutlich eingeschmolzen und an das Reich abgeführt worden. Ein Teil der Torarollen befand sich zu diesem Zeitpunkt schon in Innsbruck, auch von ihnen fehlt jede Spur.
Die heutige Sammlung des Museums besteht so zum Großteil aus Schenkungen und Leihgaben von Privatpersonen aus der Region und vor allem von Nachkommen jüdischer Hohenemser Familien. Es handelt sich dabei zumeist um Alltagsgegenstände, die an einzelne Menschen oder an soziale und kulturelle, politische und familiäre Ereignisse und Erfahrungen erinnern.
Etliche dieser Objekte sind Bestandteile der Dauerausstellung des Museums.